建校以来，伊盟蒙中就设立了学生组织—学生会。这是学校和学生密切联系的纽带，是学生自己管理自己、自己教育自己的主要形式，是民主管理学校的重要途径之一。可以说，学生会在学校管理中起着不可代替的作用。

学生会的主要职责是在校团委的直接指导下，参与学校思想品德、文化学习、体育卫生、校园文化、生活秩序的管理，为保证学校正常的教学秩序，树立良好的校风，积极组织开展各种活动，组织学生展开“爱党、爱国、爱校”教育，为学校各项工作的发展贡献力量。

1994年10月，学校制定《伊盟蒙古族中学学生会规程》，使学生会组织向着规范化、制度化迈进。

学生会成员由学生代表大会选举产生。学生会下设学习部、生活部、宣传部、安全部、体育部、文艺部、女学生部、卫生部等八个部，2000年开始增设了学生公寓部。每届学生会选举产生主席1人，副主席若干人。也有单设主席的。

班委会是在班主任直接领导下开展班务工作的学生组织，是班主任的助手。其主要职责是领导与组织全班学生积极参加学校各项活动，团结和督促全体学生自觉遵守《中学生日常行为规范》和学校各项规章制度，完成学校领导和班主任布置的工作，研究和推动班级各项工作向前发展。

班委会由班长、学习委员、生活委员、体育委员、文娱委员等组成。其人选由班内全体学生中民主选举产生，新入学班级也有班主任直接任命的。为使广大学生得到锻炼，也有轮流担任班干部的。

另外，伙食管理小组是协助学校伙食科和学生食堂工作的学生组织。组长一般由学生会生活部长兼任，成员是各班生活委员。主要职责是征询学生对食堂工作特别是饭菜质量、数量及价格的意见，存在问题及时向学校有关领导或伙食部反馈，一边及时改进或纠正。

2005年，学校初步尝试学生自主管理制度，建立了学生自己管理自己的体制。有问题能及时反馈到班主任和相关科室，以便及时纠正或教育。